ゲノム編集した植物のシークエンスの解析
提供: 鈴木研Wiki
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2021年11月2日 (火) 17:28時点における版
（注意：編集中！）
CRISPR-Cas9でゲノム編集した植物のシークエンスを解析し、変異を同定する方法。
T2世代で変異アリルをもつものを選抜する （Cas9を持たないものを選抜。pKIベクターを用いた場合、OLE-RFPが光らない種子） （genotyping：PCR＋制限酵素処理で、切れないバンドを持つ個体を選抜） 上記のPCR産物を、PCRに用いたプライマー各々でキャピラリーシークエンスを行う。 この時に、シークエンスを解析し、変異を同定する方法。
1)シーケンスアセンブリソフトウェア「ATGC」を起動 ・「ATGC」は共通PCにインストールしてあります ・自分のPCで解析したい場合は、中部大学総合情報センターから「Genetyx」をダウンロードして使用 http://www.isc.chubu.ac.jp/services/chubu/genetyx.html 「ATGC」は遺伝情報処理ソフトウェア「Genetyx」内にある 「ATGC」は初回使用時にパラメータを設定する必要がある（共通PCは設定済み）
2)・キャピラリーシークエンスのファイル（拡張子.ab1のファイル） ・
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