ゲノム編集した植物のシークエンスの解析
提供: 鈴木研Wiki
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!自分のPCで解析したい場合 | !自分のPCで解析したい場合 | ||
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| − | | | + | |'''インストール方法'''：中部大学総合情報センターから「Genetyx」をダウンロード・インストールして使用する<BR> |
http://www.isc.chubu.ac.jp/services/chubu/genetyx.html | http://www.isc.chubu.ac.jp/services/chubu/genetyx.html | ||
| + | * 上記ページへのアクセス、および「Genetyx」のダウンロード・インストールは中部大学内のネットワークへの接続が必要 | ||
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| − | | | + | |'''起動方法'''：「ATGC」は遺伝情報処理ソフトウェア「Genetyx」内にあるので、以下のいずれかの方法で起動する |
| − | * 「Genetyx」を起動し、ツールバーの「起動」-「ATGC」を選択 | + | * (A) 「Genetyx」を起動し、ツールバーの「起動」-「ATGC」を選択 |
| − | * 各自のPCの「コンピュータ」-「Program Files」-「Genetyx_VerXX_Net」フォルダ内の「ATGC.exe」を起動 | + | * (B) 各自のPCの「コンピュータ」-「Program Files」-「Genetyx_VerXX_Net」フォルダ内の「ATGC.exe」を起動 |
| + | ** (A)の方法で起動する場合は、PCが中部大学内のネットワークに接続されている必要がある | ||
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| − | | | + | |'''初期設定'''：「ATGC」は初回使用時にパラメータを設定する必要がある（共通PCは設定済み） |
*「ファイル」-「環境設定」-「解析」を選択し | *「ファイル」-「環境設定」-「解析」を選択し | ||
**最小ホモロジースコア「30」 | **最小ホモロジースコア「30」 | ||
2021年11月3日 (水) 17:21時点における版
（注意：編集中！）
CRISPR-Cas9でゲノム編集した植物のシークエンスを解析し、変異を同定する方法。
T2世代で変異アリルをもつものを選抜する （Cas9を持たないものを選抜。pKIベクターを用いた場合、OLE-RFPが光らない種子） （genotyping：PCR＋制限酵素処理で、切れないバンドを持つ個体を選抜） 上記のPCR産物を、PCRに用いたプライマー各々でキャピラリーシークエンスを行う。 この時に、シークエンスを解析し、変異を同定する方法。
1)シーケンスアセンブリソフトウェア「ATGC」を起動
- 「ATGC」は共通PCにインストールしてあります
| 自分のPCで解析したい場合 |
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| インストール方法：中部大学総合情報センターから「Genetyx」をダウンロード・インストールして使用する http://www.isc.chubu.ac.jp/services/chubu/genetyx.html
|
起動方法：「ATGC」は遺伝情報処理ソフトウェア「Genetyx」内にあるので、以下のいずれかの方法で起動する
|
初期設定：「ATGC」は初回使用時にパラメータを設定する必要がある（共通PCは設定済み）
に変更する |
2)・キャピラリーシークエンスのファイル（拡張子.ab1のファイル） ・
| マイ | ヘッダ |
|---|---|
| A | B |
| C | D |
| マイ |
|---|
| A |
| C |
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