ゲノム編集した植物のシークエンスの解析
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| + | * CRISPR-Cas9でゲノム編集した植物のシークエンスを解析し、変異アリルを同定する方法についての解説 | ||
| + | ::* ゲノム編集の概要・変異アリルの検出方法(genotyping)については、「 [[シロイヌナズナのゲノム編集について：概要、変異アリルの検出・同定]]」を参照 | ||
| − | ==[1] | + | ====[1] キャピラリーシーケンスを行い、 解析に使うデータ（ファイル）を準備する==== |
| − | + | :::※ 詳細は、「 [[シロイヌナズナのゲノム編集について：概要、変異アリルの検出・同定]]」の '''[4] 変異型アリルの同定（ゲノム編集した植物のシークエンス解析）'''を参照 | |
| + | * キャピラリーシークエンサーで読んだ波形ファイル（拡張子.ab1） | ||
| + | ::* ゲノム編集した箇所をはさんだ領域をPCRで増幅したものを、両側のプライマー（センス、アンチセンス）でシークエンス解析したファイル | ||
| + | * ゲノム編集した「遺伝子のもとの配列」の情報 | ||
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| + | * 「仮想実験室：Mitsucal」のツール「波形分離（重なった波形を分離する）」を用いて解析を行う。 | ||
| + | ::# 「仮想実験室：Mitsucal」のサイトへ移動 https://mitsucal.tsbio.info/vl/ <BR> | ||
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| + | ::# "参照配列" に"遺伝子のもとの配列"をコピー＆ペーストし、波形ファイル（拡張子.ab1）を送信して、「Start」 | ||
| − | + | * 「波形分離」ツールの使い方の解説は、鈴木研究室のホームページの記事を参照 http://biochemistry.isc.chubu.ac.jp/labo/suzuki/archives/812 | |
| − | + | :* [A] 波形が途中から二重に重なっている場合：Bi-allelic（2個のアリルを検出） | |
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[[ゲノム編集した植物のシークエンスの解析：シーケンスアセンブリソフトウェア「ATGC」を使う場合]] | [[ゲノム編集した植物のシークエンスの解析：シーケンスアセンブリソフトウェア「ATGC」を使う場合]] | ||
2022年1月13日 (木) 14:14時点における最新版
（注意：編集中！）
- CRISPR-Cas9でゲノム編集した植物のシークエンスを解析し、変異アリルを同定する方法についての解説
- ゲノム編集の概要・変異アリルの検出方法(genotyping)については、「 シロイヌナズナのゲノム編集について：概要、変異アリルの検出・同定」を参照
[編集] [1] キャピラリーシーケンスを行い、 解析に使うデータ（ファイル）を準備する
- ※ 詳細は、「 シロイヌナズナのゲノム編集について：概要、変異アリルの検出・同定」の [4] 変異型アリルの同定（ゲノム編集した植物のシークエンス解析）を参照
- キャピラリーシークエンサーで読んだ波形ファイル（拡張子.ab1）
- ゲノム編集した箇所をはさんだ領域をPCRで増幅したものを、両側のプライマー（センス、アンチセンス）でシークエンス解析したファイル
- ゲノム編集した「遺伝子のもとの配列」の情報
- sgRNA配列の情報
[編集] [2] 「仮想実験室：Mitsucal」を用いてデータを解析する
- 「仮想実験室：Mitsucal」のツール「波形分離（重なった波形を分離する）」を用いて解析を行う。
- 「仮想実験室：Mitsucal」のサイトへ移動 https://mitsucal.tsbio.info/vl/
- "やること"のプルダウンから「重なった波形を分離する」を選択
- "参照配列" に"遺伝子のもとの配列"をコピー＆ペーストし、波形ファイル（拡張子.ab1）を送信して、「Start」
- 「仮想実験室：Mitsucal」のサイトへ移動 https://mitsucal.tsbio.info/vl/
- 「波形分離」ツールの使い方の解説は、鈴木研究室のホームページの記事を参照 http://biochemistry.isc.chubu.ac.jp/labo/suzuki/archives/812
- [A] 波形が途中から二重に重なっている場合：Bi-allelic（2個のアリルを検出）
- [B] 波形が最後まで1種類の場合：ホモ（アリルは1個）
これ以降は編集途中の産物
