ゲノム編集した植物のシークエンスの解析
提供: 鈴木研Wiki
(版間での差分)
19行: | 19行: | ||
* 「波形分離」ツールの使い方の解説は、鈴木研究室のホームページの記事を参照 http://biochemistry.isc.chubu.ac.jp/labo/suzuki/archives/812 | * 「波形分離」ツールの使い方の解説は、鈴木研究室のホームページの記事を参照 http://biochemistry.isc.chubu.ac.jp/labo/suzuki/archives/812 | ||
− | + | :* [A] 波形が途中から二重に重なっている場合:Bi-allelic(2個のアリルを検出) | |
+ | :* [B] 波形が最後まで1種類の場合:ホモ(アリルは1個) | ||
2022年1月13日 (木) 14:14時点における最新版
(注意:編集中!)
- CRISPR-Cas9でゲノム編集した植物のシークエンスを解析し、変異アリルを同定する方法についての解説
- ゲノム編集の概要・変異アリルの検出方法(genotyping)については、「 シロイヌナズナのゲノム編集について:概要、変異アリルの検出・同定」を参照
[編集] [1] キャピラリーシーケンスを行い、 解析に使うデータ(ファイル)を準備する
- ※ 詳細は、「 シロイヌナズナのゲノム編集について:概要、変異アリルの検出・同定」の [4] 変異型アリルの同定(ゲノム編集した植物のシークエンス解析)を参照
- キャピラリーシークエンサーで読んだ波形ファイル(拡張子.ab1)
- ゲノム編集した箇所をはさんだ領域をPCRで増幅したものを、両側のプライマー(センス、アンチセンス)でシークエンス解析したファイル
- ゲノム編集した「遺伝子のもとの配列」の情報
- sgRNA配列の情報
[編集] [2] 「仮想実験室:Mitsucal」を用いてデータを解析する
- 「仮想実験室:Mitsucal」のツール「波形分離(重なった波形を分離する)」を用いて解析を行う。
- 「仮想実験室:Mitsucal」のサイトへ移動 https://mitsucal.tsbio.info/vl/
- "やること"のプルダウンから「重なった波形を分離する」を選択
- "参照配列" に"遺伝子のもとの配列"をコピー&ペーストし、波形ファイル(拡張子.ab1)を送信して、「Start」
- 「仮想実験室:Mitsucal」のサイトへ移動 https://mitsucal.tsbio.info/vl/
- 「波形分離」ツールの使い方の解説は、鈴木研究室のホームページの記事を参照 http://biochemistry.isc.chubu.ac.jp/labo/suzuki/archives/812
- [A] 波形が途中から二重に重なっている場合:Bi-allelic(2個のアリルを検出)
- [B] 波形が最後まで1種類の場合:ホモ(アリルは1個)
これ以降は編集途中の産物