ゲノム編集した植物のシークエンスの解析
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この時に、シークエンスを解析し、変異を同定する方法。 | この時に、シークエンスを解析し、変異を同定する方法。 | ||
| − | 1)シーケンスアセンブリソフトウェア「ATGC」を起動 | + | 1) 解析に使うファイルを準備する |
| + | * キャピラリーシークエンサーで読んだ波形ファイル（拡張子.ab1） | ||
| + | * ゲノム編集した遺伝子のもとの配列とsgRNAの配列。FASTA形式で保存する | ||
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| + | 2) シーケンスアセンブリソフトウェア「ATGC」を起動 | ||
*「ATGC」は共通PCにインストールしてあります | *「ATGC」は共通PCにインストールしてあります | ||
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|'''起動方法'''：「ATGC」は遺伝情報処理ソフトウェア「Genetyx」内にあるので、以下のいずれかの方法で起動する | |'''起動方法'''：「ATGC」は遺伝情報処理ソフトウェア「Genetyx」内にあるので、以下のいずれかの方法で起動する | ||
* (A) 「Genetyx」を起動し、ツールバーの「起動」-「ATGC」を選択 | * (A) 「Genetyx」を起動し、ツールバーの「起動」-「ATGC」を選択 | ||
| − | * (B) | + | * (B) 各自のPCの「C:ドライブ」-「Program Files」-「Genetyx_VerXX_Net」フォルダ内の「ATGC.exe」を起動 |
** (A)の方法で起動する場合は、PCが中部大学内のネットワークに接続されている必要がある | ** (A)の方法で起動する場合は、PCが中部大学内のネットワークに接続されている必要がある | ||
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| − | + | 3)・キャピラリーシークエンスのファイル（拡張子.ab1のファイル） | |
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2021年11月4日 (木) 09:16時点における版
（注意：編集中！）
CRISPR-Cas9でゲノム編集した植物のシークエンスを解析し、変異を同定する方法。
T2世代で変異アリルをもつものを選抜する （Cas9を持たないものを選抜。pKIベクターを用いた場合、OLE-RFPが光らない種子） （genotyping：PCR＋制限酵素処理で、切れないバンドを持つ個体を選抜） 上記のPCR産物を、PCRに用いたプライマー各々でキャピラリーシークエンスを行う。 この時に、シークエンスを解析し、変異を同定する方法。
1) 解析に使うファイルを準備する
- キャピラリーシークエンサーで読んだ波形ファイル（拡張子.ab1）
- ゲノム編集した遺伝子のもとの配列とsgRNAの配列。FASTA形式で保存する
2) シーケンスアセンブリソフトウェア「ATGC」を起動
- 「ATGC」は共通PCにインストールしてあります
| 自分のPCで解析したい場合 |
|---|
| インストール方法：中部大学総合情報センターから「Genetyx」をダウンロード・インストールして使用する http://www.isc.chubu.ac.jp/services/chubu/genetyx.html
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起動方法：「ATGC」は遺伝情報処理ソフトウェア「Genetyx」内にあるので、以下のいずれかの方法で起動する
|
初期設定：「ATGC」は初回使用時にパラメータを設定する必要がある（共通PCは設定済み）
に変更する |
3)・キャピラリーシークエンスのファイル（拡張子.ab1のファイル） ・
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