ゲノム編集した植物のシークエンスの解析
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この時に、シークエンスを解析し、変異を同定する方法。 | この時に、シークエンスを解析し、変異を同定する方法。 | ||
| − | 1) 解析に使うファイルを準備する | + | '''1) 解析に使うファイルを準備する''' |
* キャピラリーシークエンサーで読んだ波形ファイル（拡張子.ab1） | * キャピラリーシークエンサーで読んだ波形ファイル（拡張子.ab1） | ||
| − | + | ::* ゲノム編集した箇所をはさんだ領域をPCRで増幅したものを、両側のプライマーでシークエンス解析したファイル | |
| − | * ゲノム編集した遺伝子のもとの配列とsgRNAの配列。FASTA形式で保存する | + | * ゲノム編集した遺伝子のもとの配列とsgRNAの配列。FASTA形式で保存する<BR> |
| − | * | + | ::* 「メモ帳」等のテキストエディタを起動し、以下の内容を記述したファイルを作成する（ファイル保存時に、拡張子を「.txt」から「.fasta」に変更） |
| − | 2) シーケンスアセンブリソフトウェア「ATGC」を起動 | + | :::{| class="wikitable" |
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| + | >sgRNA+PAM<BR> | ||
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*「ATGC」は共通PCにインストールしてあります | *「ATGC」は共通PCにインストールしてあります | ||
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3)・キャピラリーシークエンスのファイル（拡張子.ab1のファイル） | 3)・キャピラリーシークエンスのファイル（拡張子.ab1のファイル） | ||
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2021年11月4日 (木) 10:23時点における版
（注意：編集中！）
CRISPR-Cas9でゲノム編集した植物のシークエンスを解析し、変異を同定する方法。
T2世代で変異アリルをもつものを選抜する （Cas9を持たないものを選抜。pKIベクターを用いた場合、OLE-RFPが光らない種子） （genotyping：PCR＋制限酵素処理で、切れないバンドを持つ個体を選抜） 上記のPCR産物を、PCRに用いたプライマー各々でキャピラリーシークエンスを行う。 この時に、シークエンスを解析し、変異を同定する方法。
1) 解析に使うファイルを準備する
- キャピラリーシークエンサーで読んだ波形ファイル（拡張子.ab1）
- ゲノム編集した箇所をはさんだ領域をPCRで増幅したものを、両側のプライマーでシークエンス解析したファイル
- ゲノム編集した遺伝子のもとの配列とsgRNAの配列。FASTA形式で保存する
- 「メモ帳」等のテキストエディタを起動し、以下の内容を記述したファイルを作成する（ファイル保存時に、拡張子を「.txt」から「.fasta」に変更）
>遺伝子名
ATGCCGGAATAG.....
>sgRNA+PAM
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxNGG
2) シーケンスアセンブリソフトウェア「ATGC」を起動
- 「ATGC」は共通PCにインストールしてあります
| 自分のPCで解析したい場合 |
|---|
| インストール方法：中部大学総合情報センターから「Genetyx」をダウンロード・インストールして使用する http://www.isc.chubu.ac.jp/services/chubu/genetyx.html
|
起動方法：「ATGC」は遺伝情報処理ソフトウェア「Genetyx」内にあるので、以下のいずれかの方法で起動する
|
初期設定：「ATGC」は初回使用時にパラメータを設定する必要がある（共通PCは設定済み）
に変更する |
3)・キャピラリーシークエンスのファイル（拡張子.ab1のファイル） ・
<tr valign="top"><td>
段落を変えずに
改行することもできます。
</td>
<td>
