ゲノム編集した植物のシークエンスの解析

2022年1月13日 (木) 14:14時点における最新版

（注意：編集中！）　

• CRISPR-Cas9でゲノム編集した植物のシークエンスを解析し、変異アリルを同定する方法についての解説

• ゲノム編集の概要・変異アリルの検出方法(genotyping)については、「 シロイヌナズナのゲノム編集について：概要、変異アリルの検出・同定」を参照

[編集] [1] キャピラリーシーケンスを行い、 解析に使うデータ（ファイル）を準備する

※ 詳細は、「 シロイヌナズナのゲノム編集について：概要、変異アリルの検出・同定」の [4] 変異型アリルの同定（ゲノム編集した植物のシークエンス解析）を参照

• キャピラリーシークエンサーで読んだ波形ファイル（拡張子.ab1）

• ゲノム編集した箇所をはさんだ領域をPCRで増幅したものを、両側のプライマー（センス、アンチセンス）でシークエンス解析したファイル

• ゲノム編集した「遺伝子のもとの配列」の情報
• sgRNA配列の情報

[編集] [2] 「仮想実験室：Mitsucal」を用いてデータを解析する

• 「仮想実験室：Mitsucal」のツール「波形分離（重なった波形を分離する）」を用いて解析を行う。

1. 「仮想実験室：Mitsucal」のサイトへ移動　https://mitsucal.tsbio.info/vl/
   
2. "やること"のプルダウンから「重なった波形を分離する」を選択
   
3. "参照配列" に"遺伝子のもとの配列"をコピー＆ペーストし、波形ファイル（拡張子.ab1）を送信して、「Start」

• 「波形分離」ツールの使い方の解説は、鈴木研究室のホームページの記事を参照　http://biochemistry.isc.chubu.ac.jp/labo/suzuki/archives/812

• [A] 波形が途中から二重に重なっている場合：Bi-allelic（2個のアリルを検出）
• [B] 波形が最後まで1種類の場合：ホモ（アリルは1個）

これ以降は編集途中の産物