RAD-Seqのライブラリ作成

アダプターの作成

Illumina Read2

Illumina Read2(50μM) 5μl
T4 Polynucleotide Kinase 0.5μl
10x Buffer for T4 DNA Ligase with 10mM ATP 2μl
H2O 12μl

を混ぜる。

1. 37℃で30分間保温する。
2. 65℃で20分間保温する。

Illumina Read2_RT(50μM) 5μl
10x Buffer H 3μl
H2O 2μl

を加える。

1. 95℃で5分間保温する。
2. ヒートブロックの電源をoffにする。
3. 30℃になるまで、５分おきに温度を記録する。（１分あたり-1℃が目安）
4. エタノール沈殿をする。
5. H2O 10μlに溶かす。

RAD Seq

RAD Seq F(50μM) 5μl
RAD Seq R(50μM) 5μl
10x Buffer H 3μl
H2O 17μl

を混ぜる。

1. 95℃で5分間保温する。
2. ヒートブロックの電源をoffにする。
3. 30℃になるまで、５分おきに温度を記録する。（１分あたり-1℃が目安）
4. エタノール沈殿をする。
5. H2O 10μlに溶かす。

エタノール沈殿

サンプルの1/10量の3M NaOAc
サンプルの2.5倍量の100% EtOH

を加えて、混合する。

1. -20℃に20分間置く。
2. 4℃、15000rpm、15分間遠心。
3. アスピレーターで上清を廃棄する。
4. 半量の70%EtOHを加える。
5. 4℃、15000rpm、5分間遠心。
6. 上清を廃棄。
7. 遠心エバポレーターで2分間乾燥。