ゲノム編集した植物のシークエンスの解析

（注意：編集中！）

CRISPR-Cas9でゲノム編集した植物のシークエンスを解析し、変異を同定する方法。

T2世代で変異アリルをもつものを選抜する （Cas9を持たないものを選抜。pKIベクターを用いた場合、OLE-RFPが光らない種子） （genotyping：PCR＋制限酵素処理で、切れないバンドを持つ個体を選抜） 上記のPCR産物を、PCRに用いたプライマー各々でキャピラリーシークエンスを行う。 この時に、シークエンスを解析し、変異を同定する方法。

1)シーケンスアセンブリソフトウェア「ATGC」を起動

• 「ATGC」は共通PCにインストールしてあります

自分のPCで解析したい場合
インストール方法：中部大学総合情報センターから「Genetyx」をダウンロード・インストールして使用する http://www.isc.chubu.ac.jp/services/chubu/genetyx.html 上記ページへのアクセス、および「Genetyx」のダウンロード・インストールは中部大学内のネットワークへの接続が必要
起動方法：「ATGC」は遺伝情報処理ソフトウェア「Genetyx」内にあるので、以下のいずれかの方法で起動する (A) 「Genetyx」を起動し、ツールバーの「起動」-「ATGC」を選択 (B) 各自のPCの「コンピュータ」-「Program Files」-「Genetyx_VerXX_Net」フォルダ内の「ATGC.exe」を起動 (A)の方法で起動する場合は、PCが中部大学内のネットワークに接続されている必要がある
初期設定：「ATGC」は初回使用時にパラメータを設定する必要がある（共通PCは設定済み） 「ファイル」-「環境設定」-「解析」を選択し 最小ホモロジースコア「30」 最小一致塩基数「10」 に変更する

2)・キャピラリーシークエンスのファイル（拡張子.ab1のファイル） 　・

マイ	ヘッダ
A	B
C	D

マイ
A
C

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このテキストはデフォルトで隠蔽されているはずです。

同様にこのテキストは可視化されているはずです。