シロイヌナズナのゲノム編集について：概要、変異アリルの検出・同定
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==[2] ゲノム編集によってできる変異型のアリルについて== | ==[2] ゲノム編集によってできる変異型のアリルについて== | ||
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==[3] 変異型アリルの検出（遺伝子型の同定：genotyping）== | ==[3] 変異型アリルの検出（遺伝子型の同定：genotyping）== | ||
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* ゲノム変種による変異の有無を検出できるように、制限酵素サイトの近傍にsgRNAを設計する （変異が生じると制限酵素サイトが無くなる） | * ゲノム変種による変異の有無を検出できるように、制限酵素サイトの近傍にsgRNAを設計する （変異が生じると制限酵素サイトが無くなる） | ||
:* sgRNAの配列と検出に用いた制限酵素の例、については上記[2]の図を参照 | :* sgRNAの配列と検出に用いた制限酵素の例、については上記[2]の図を参照 | ||
2021年11月10日 (水) 14:59時点における版
CRISPR-Cas9でゲノム編集した植物のシークエンスを解析し、変異を同定する方法についての解説
[1]（概要）ゲノム編集で変異体を作成する手順：pKIベクターを用いた場合
- 以下の説明は、pKIベクターの解説サイトの図に一部加筆したもの https://www.jst.go.jp/pr/announce/20161117-2/index.html
- （※ ガイドRNAの設計方法については、別記参照)
[2] ゲノム編集によってできる変異型のアリルについて
- CRISPR-Cas9によるゲノム編集では、PAM配列（NGG）の3塩基手前が切断される
- その切断個所を修復する際に、「挿入・欠失 (indel)」が生じて、フレームシフト等の変異型アリルができる
- 以下は、ゲノム編集での変異アリルの例
- 挿入・欠失 (indel) は上記の例のように、数bpの場合もあれば、数十bp～100bp以上の場合もある
[3] 変異型アリルの検出（遺伝子型の同定：genotyping）
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[4] 変異型アリルの同定（ゲノム編集した植物のシークエンス解析）
(1) キャピラリーシークエンスを行う
- [3]で用いたPCR産物（制限酵素処理"前"のもの）を用いて、シークエンス解析を行う
- キャピラリーシークエンスの方法は、「BigDye Terminaterを使ったシークエンス」を参照
- シークエンス反応時に使うプライマーは、[3]のPCRで使用した両側のプライマー
- ＝PCR産物１個につき、シークエンスは２サンプル、となる （両側のプライマー＝センス、アンチセンスの２種類で読むため
- 1反応 (計10ul) あたりに、PCR産物を "1ul" 使用する
- （プライマーダイマーがある場合は、精製・定量したうえで、プロトコール通りの量を使用 （精製方法：NucleoSpin Gel and PCR Clean-upを使ったDNA精製）
(2) 解析に使うデータ（ファイル）を準備する
- キャピラリーシークエンサーで読んだ波形ファイル（拡張子.ab1） ※上記(1)で得られたデータ
- ゲノム編集した「遺伝子のもとの配列」の情報（sgRNA配列の位置がわかるもの）
(3) シークエンスデータを解読して配列を決定し、アリルを同定する
- シークエンスデータの解読方法については、別記「ゲノム編集した植物のシークエンスの解析」を参照
