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=== 細菌の実験 === | === 細菌の実験 === | ||
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=== DNAの実験 === | === DNAの実験 === | ||
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* [[NucleoSpin Plasmid Quick Pureを使ったプラスミド抽出]] | * [[NucleoSpin Plasmid Quick Pureを使ったプラスミド抽出]] | ||
* [[NucleoSpin Plasmid EasyPureを使ったプラスミド抽出]] | * [[NucleoSpin Plasmid EasyPureを使ったプラスミド抽出]] | ||
| + | * [[NucleoBond Xtra Midiを使ったプラスミド抽出 (Midi Prep.)]] | ||
==== プラスミド作成 ==== | ==== プラスミド作成 ==== | ||
| + | * [[クローニング KOD Plus]] | ||
* [[塩基置換を導入する QuickChange Multi Site-Directed Mutagenesis Kis]] | * [[塩基置換を導入する QuickChange Multi Site-Directed Mutagenesis Kis]] | ||
* [[インバースPCR]] 緋田 | * [[インバースPCR]] 緋田 | ||
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* [[EmeraldAmpを使ったコロニーPCR]] | * [[EmeraldAmpを使ったコロニーPCR]] | ||
* [[BigDye Terminaterを使ったシークエンス]] | * [[BigDye Terminaterを使ったシークエンス]] | ||
| + | * [[シロイヌナズナのゲノム編集について：概要、変異アリルの検出・同定]] | ||
| + | ::* [[ゲノム編集した植物のシークエンスの解析]] | ||
* [[ストレプトアビジンビーズを使った精製]] | * [[ストレプトアビジンビーズを使った精製]] | ||
* [[DNAの電気泳動]] | * [[DNAの電気泳動]] | ||
* [[DNAの電気泳動 (Old Ver.)]] | * [[DNAの電気泳動 (Old Ver.)]] | ||
* [[MultiNAを使った電気泳動]] | * [[MultiNAを使った電気泳動]] | ||
| − | * [[MultiNAを使った電気泳動 (Old Ver.)]] | + | * [[MultiNAを使った電気泳動 (Old Ver.2)]] |
==== 定量 ==== | ==== 定量 ==== | ||
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=== タンパク質の実験 === | === タンパク質の実験 === | ||
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| + | === 各種試薬の作製方法 === | ||
| + | * [[各種試薬の作製方法（覚え書き）]] ：SOC培地、MES-KOH、B5 vitamin、種子滅菌液 など | ||
=== 次世代シーケンサー === | === 次世代シーケンサー === | ||
| + | * [[NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit]] | ||
* [[TruSeq Nano DNA Library Prep Kit]] | * [[TruSeq Nano DNA Library Prep Kit]] | ||
| + | * [[NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit Ver. 240630]] | ||
* [[NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit]] | * [[NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit]] | ||
| − | * [[NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit]] | + | * [[NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit]] 丹羽(修正) |
* [[NEBNext Multiplex Oligos for Illumina]] | * [[NEBNext Multiplex Oligos for Illumina]] | ||
* [[トマトSNPマーカーのライブラリ化]] | * [[トマトSNPマーカーのライブラリ化]] | ||
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=== データ解析 === | === データ解析 === | ||
| + | * [[ImageJ 根の長さの測定]] | ||
* [[ImageJ 動画の作成]] | * [[ImageJ 動画の作成]] | ||
== 研究室のルール == | == 研究室のルール == | ||
* [[全般 (最初に読む)]] | * [[全般 (最初に読む)]] | ||
| + | * [[実験ノートの書き方]] | ||
| + | * [[実験室の掃除：定期清掃、大掃除]] | ||
| + | * [[研究室の運営上必要な仕事（丹羽担当分）]] | ||
=== 実験装置の使い方 === | === 実験装置の使い方 === | ||
2025年1月27日 (月) 10:33時点における最新版
目次 |
[編集] プロトコール集
[編集] 植物の育成
- シロイヌナズナ
[編集] 植物の観察
[編集] クンショウモの育成
[編集] 細菌の実験
[編集] DNAの実験
[編集] 抽出・精製
- トマト葉からのDNA抽出方法 佐藤
- NucleoSpin Plant IIを使ったDNA抽出 下里
- エタノール沈殿
- NucleoSpin Gel and PCR Clean-upを使ったDNA精製
- NucleoSpin Plasmid Quick Pureを使ったプラスミド抽出
- NucleoSpin Plasmid EasyPureを使ったプラスミド抽出
- NucleoBond Xtra Midiを使ったプラスミド抽出 (Midi Prep.)
[編集] プラスミド作成
- クローニング KOD Plus
- 塩基置換を導入する QuickChange Multi Site-Directed Mutagenesis Kis
- インバースPCR 緋田
- TAクローニング (TArget Clone -Plus- [Toyobo])
- In-Fusion Cloning
- 大腸菌DH5aの形質転換
[編集] 解析
- 制限酵素でDNAを切断する
- トマトSNPマーカーの解析
- MightyAmpを使ったPCR
- LA Taqを使ったPCR
- EmeraldAmpを使ったコロニーPCR
- BigDye Terminaterを使ったシークエンス
- シロイヌナズナのゲノム編集について：概要、変異アリルの検出・同定
[編集] 定量
[編集] RNAの実験
RNAの定量方法
- (a)吸光度(UV)で測定する場合 ⇒ DNAの定量 (DS-11 FX+) を参照
- (b)蛍光色素を用いる場合 ⇒ RNAの定量 (invitrogen Quant-iT RiboGreen RNA Reagent and Kit)
[編集] タンパク質の実験
[編集] 各種試薬の作製方法
- 各種試薬の作製方法（覚え書き） ：SOC培地、MES-KOH、B5 vitamin、種子滅菌液 など
[編集] 次世代シーケンサー
- NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit
- TruSeq Nano DNA Library Prep Kit
- NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit Ver. 240630
- NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit
- NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit 丹羽(修正)
- NEBNext Multiplex Oligos for Illumina
- トマトSNPマーカーのライブラリ化
- RAD-Seqのライブラリ作成
- 長いPCR産物のライブラリ作成
[編集] データ解析
[編集] 研究室のルール
[編集] 実験装置の使い方
- SYNERGY H1 (プレートリーダー)
- 生物発光測定装置
[編集] コンピュータの使い方
[編集] その他
[編集] お知らせ
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